養殖部門では、養殖業の成長産業化を推進するための研究開発を行っています。そのために、我が国の戦略的養殖品目であるブリ類、クロマグロ、サケ・マス類等を対象として、その高品質化、安定生産、生産性向上を目指し、優良系統作出、魚粉代替飼料、効率的飼育、病害防除のための技術開発を行っています。クロマグロ、ニホンウナギについては、天然種苗から人工種苗への転換のため、優良種苗を大量生産する研究開発を推進しています。また、経営・経済の観点から、生産、流通、消費等における養殖業の現状の把握と問題解決に向けた研究を行っています。加えて、ハタ類、マダコ等の新規養殖対象種の種苗生産及び完全養殖の技術の確立と普及を進めています。

養殖部門は、以下の研究部・室で構成されています。