環境・応用部門は、水産工学、沿岸・内水面生態系、環境保全、水産物の安全性や健康維持機能を含めた利用加工研究により、沿岸・内水面域の環境変動をとらえつつ、水産資源の持続的利用のために必要な研究開発を総合的に行う部門です。基礎的な工学、生物学、化学、生態学に基づき、AIなどの先端技術を活用した調査・利用加工技術の開発、脱炭素社会やSDGsの実現に向けた技術開発にも取り組んでいます。

環境・応用部門は、以下の研究部により構成されています。