・実証化企画室
　　水産業の成長産業化のための実証化調査の企画及び成果の普及に関する業務を行います。
・漁業第1グループ
　　遠洋漁業及び沖合漁業における海洋水産資源の開発及び利用の合理化に係る開発調査に関する業務を行います。
・漁業第2グループ
　　遠洋漁業及び沖合漁業における新たな漁業生産方式の企業化に係る開発調査に関する業務を行います。
・漁業第3グループ
　　漁業生産から流通までを包括したシステムに係る開発調査に関する業務を行います。
・養殖システムグループ
　　養殖に係る新たなシステムの構築に係る開発調査に関する業務を行います。