さけます部門では、近年減少傾向にあるさけます資源の回復と安定化を目指し、資源管理および生態、再生産や資源増殖に関する研究開発を行うとともに、関連する国際対応に関する業務を行っています。また、さけます類の個体群維持のためのふ化放流及びその技術の改善、並びに資源状況等を把握するための各種モニタリングを行っています。さらに、民間のふ化場に対して研究開発成果等を普及し、成果の社会実装に努めています。

さけます部門は、以下の研究部で構成されています。